#julialang #matplotlib #pyplot #mamba #bayesian #mcmc #gist

http://statmodeling.hatenablog.com/entry/waic-with-hierarchical-models
の上半分の(2)の「Stanコード」とほぼ同じことをJulia + Mambaパッケージでやってみた結果を次の場所に置いておきました。

https://gist.github.com/genkuroki/7cd618f9c9d970188fef301111bdb5bc

Slice samplerしか使っていない場合には、数値積分も含めて、10000 iteration で116秒だったので、1000 なら12秒程度。

問題はNUTSを使った場合で10000 iteration で7分程度もかかっています。1000 なら40秒くらいです。これはかなり遅いと思う。

私の使い方に問題があるせいなのか、それとも、MambaのNUTSの最適化がまだ不十分なのか不明。

Stanも試してみた方が良いということなのかもしれません。